Comparative genomics and transcriptomics of #Xanthomonas campestris# : Session 3- Physiologie, génétique et génomique des bactéries
- Others:
- Interactions plantes-microorganismes et santé végétale ; Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS) ; COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
- Laboratoire des interactions plantes micro-organismes (LIPM) ; Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
- Laboratoire de Recherche en Sciences Végétales (LRSV) ; Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3) ; Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
- Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS) ; Université d'Angers (UA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST
- Université d'Angers (UA)
- Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées
- UMR - Interactions Plantes Microorganismes Environnement (UMR IPME) ; Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])
- Peuplements végétaux et bioagresseurs en milieu tropical (UMR PVBMT) ; Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université de La Réunion (UR)
- Université Toulouse III - Paul Sabatier (UT3) ; Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées
Description
The Xanthomonas campestris species causes different diseases on a wide range of Brassicas and is composed of at least four pathovars (campestris, incanae. raphani. unnamed). This species encompasses both vascular and non-vascular pathogens. A comparative genomic analysis of X campestris diversity was performed at the intraspecific and intrapathovar levels by sequencing more than 40 strains. Structural genome annotation was performed and benefited from deep sequencing of small and large RNAs. This approach allowed the exact determination of transcriptional start sites and the identification of small noncoding RNAs. We also used RNA sequencing to characterize the type III regulon in several strains and could identify novel type 111 effectomes. Core and variable genomes and type 111 effectomes were determined. These results evidenced an unsuspected genomic diversity in this species. The latest progress in this project will be presented. (Texte intégral)
Abstract
International audience
Additional details
- URL
- https://hal.univ-reunion.fr/hal-01456725
- URN
- urn:oai:HAL:hal-01456725v1
- Origin repository
- UNICA