Pearl millet genome sequence provides a resource to improve agronomic traits in arid environments
- Creators
- Varshney, Rajeev
- Shi, Chengcheng
- Thudi, Mahendar
- Mariac, Cédric
- Wallace, Jason
- Qi, Peng
- Zhang, He
- Zhao, Yusheng
- Wang, Xiyin
- Rathore, Abhishek
- Srivastava, Rakesh
- Chitikineni, Annapurna
- Fan, Guangyi
- Bajaj, Prasad
- Punnuri, Somashekhar
- Gupta, Sushim
- Wang, Hao
- Jiang, Yong
- Couderc, Marie
- Katta, Mohan
- Paudel, Dev
- Mungra, K
- Chen, Wenbin
- Harris-Shultz, Karen
- Garg, Vanika
- Desai, Neetin
- Doddamani, Dadakhalandar
- Kane, Ndjido
- Conner, Joann
- Ghatak, Arindam
- Chaturvedi, Palak
- Subramaniam, Sabarinath
- Yadav, Om
- Berthouly-Salazar, Cécile
- Hamidou, Falalou
- Wang, Jianping
- Liang, Xinming
- Clotault, Jeremy
- Upadhyaya, Hari
- Cubry, Philippe
- Rhoné, Bénédicte
- Gueye, Mame
- Sunkar, Ramanjulu
- Dupuy, Christian
- Sparvoli, Francesca
- Cheng, Shifeng
- Mahala, R
- Singh, Bharat
- Yadav, Rattan
- Lyons, Eric
- Datta, Swapan
- Hash, C Tom
- Devos, Katrien
- Buckler, Edward
- Bennetzen, Jeffrey
- Paterson, Andrew
- Ozias-Akins, Peggy
- Grando, Stefania
- Wang, Jun
- Mohapatra, Trilochan
- Weckwerth, Wolfram
- Reif, Jochen
- Liu, Xin
- Vigouroux, Yves
- Xu, Xun
- Others:
- Diversité, adaptation, développement des plantes (UMR DIADE) ; Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])
- Numerical modeling and high performance computing for evolution problems in complex domains and heterogeneous media (NACHOS) ; Inria Sophia Antipolis - Méditerranée (CRISAM) ; Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-Laboratoire Jean Alexandre Dieudonné (JAD) ; Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS) ; COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS) ; COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA)
- Institut Sénégalais de Recherches Agricoles [Dakar] (ISRA)
- Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS) ; Université d'Angers (UA)-Institut National de Recherche pour l'Agriculture, l'Alimentation et l'Environnement (INRAE)-INSTITUT AGRO Agrocampus Ouest ; Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)
- Unité de Recherches Forestières Méditerranéennes (URFM) ; Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)
- Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive - UMR 5558 (LBBE) ; Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL) ; Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (Inria)-VetAgro Sup - Institut national d'enseignement supérieur et de recherche en alimentation, santé animale, sciences agronomiques et de l'environnement (VAS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
- Institut des Mondes Africains (IMAF) ; Université Paris 1 Panthéon-Sorbonne (UP1)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-École des hautes études en sciences sociales (EHESS)-École pratique des hautes études (EPHE) ; Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
- Unité de Mécanique (UME) ; École Nationale Supérieure de Techniques Avancées (ENSTA Paris)
- State Key Laboratory of Fine Chemicals ; State Key Laboratory of Fine Chemicals
Description
Pearl millet [Cenchrus americanus (L.) Morrone] is a staple food for more than 90 million farmers in arid and semi-arid regions of sub-Saharan Africa, India and South Asia. We report the ~1.79 Gb draft whole genome sequence of reference genotype Tift 23D2B1-P1-P5, which contains an estimated 38,579 genes. We highlight the substantial enrichment for wax biosynthesis genes, which may contribute to heat and drought tolerance in this crop. We resequenced and analyzed 994 pearl millet lines, enabling insights into population structure, genetic diversity and domestication. We use these resequencing data to establish marker trait associations for genomic selection, to define heterotic pools, and to predict hybrid performance. We believe that these resources should empower researchers and breeders to improve this important staple crop.
Abstract
International audience
Additional details
- URL
- https://hal.univ-angers.fr/hal-02516604
- URN
- urn:oai:HAL:hal-02516604v1
- Origin repository
- UNICA