Embedding of biological regulatory networks and property preservation
- Others:
- Programme d'Épigénomique ; Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
- Mathématiques Appliquées aux Systèmes - EA 4037 (MAS) ; Ecole Centrale Paris
- Laboratoire d'Informatique, Signaux, et Systèmes de Sophia-Antipolis (I3S) / Equipe BIOINFO ; Modèles Discrets pour les Systèmes Complexes (Laboratoire I3S - MDSC) ; Laboratoire d'Informatique, Signaux, et Systèmes de Sophia Antipolis (I3S) ; Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS) ; COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS) ; COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA)-Laboratoire d'Informatique, Signaux, et Systèmes de Sophia Antipolis (I3S) ; Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS) ; COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS) ; COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Côte d'Azur (UCA)
Description
In the course of understanding biological regulatory networks (BRN), scientists usually start by studying small BRNs that they believe to be of particular importance to represent a biological function, and then, embed them in a larger network. Such a reduction can lead to neglect relevant regulations and to study a network whose properties can be very different from the properties of this network viewed as a part of the whole. In this paper we study, from a logical point of view, on which conditions concerning both networks, properties can be inherited by BRNs from sub-BRNs.We give some conditions on the nature of the network embeddings ensuring that dynamic properties on the embedded sub-BRNs are preserved at the level of the whole BRN.
Abstract
International audience
Additional details
- URL
- https://hal-ecp.archives-ouvertes.fr/hal-00782867
- URN
- urn:oai:HAL:hal-00782867v1
- Origin repository
- UNICA