Apport des nouvelles générations de séquençage pour accéder à la diversité et la richesse des communautés microbiennes de sols issus d'échantillonnage de grande ampleur

Description

La diversité microbienne d'un sol (que l'on estime entre 105 et 106 espèces différentes par gramme de sol) est difficile à caractériser. Cependant, les techniques de séquençage haut-débit comme le pyroséquençage permettent maintenant d'étudier la diversité des communautés microbiennes du sol en se basant sur un marqueur phylogénétique (comme l'ADNr 16S ou 18S). De premières études ont déjà été réalisées avec cette technique afin d'aborder la diversité bactérienne des sols et cette dernière est maintenant unanimement reconnue pour sa pertinence et ses potentialités très importantes. Toutefois, l'écologie microbienne du sol commence à se tourner vers l'étude d'échantillonnages de grande envergure spatiale (Réseau de Mesure de la Qualité des Sols qui représente plus de 2200 sols à l'échelle du territoire français) afin de mieux hiérarchiser les processus et paramètres impliqués dans l'assemblage de ces communautés. Ce caractère massif, ainsi que les caractéristiques inhérentes aux séquences obtenues par la technique de pyroséquençage requièrent le développement d'outils bioinformatiques adaptés, optimisés et évalués, afin d'analyser rapidement et efficacement ce type de données. L'objectif final est de coupler, sur un grand nombre d'échantillons, cette approche avec des mesures d'activités et de faire le lien entre la diversité microbienne tellurique et l'aptitude des sols à rendre des services. Les premiers résultats (méthodologiques et biologiques) sur un nombre restreint de sols seront décrits et présentés.

Abstract

Une présentation orale a été faite lors de ce congrès EA SPE GenoSol EcolDur CT3 (vu ST)
Une présentation orale a été faite lors de ce congrèsEASPEGenoSolEcolDurCT3 (vu ST)

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