Atad2 is a generalist facilitator of chromatin dynamics in embryonic stem cells
- Creators
- Morozumi, Yuichi
- Boussouar, Fayçal
- Tan, Minjia
- Chaikuad, Apirat
- Jamshidikia, Mahya
- Colak, Gozde
- He, Huang
- Nie, Litong
- Petosa, Carlo
- de Dieuleveult, Maud
- Curtet, Sandrine
- Vitte, Anne-Laure
- Rabatel, Clothilde
- Debernardi, Alexandra
- François-Loïc, Cosset
- Verhoeyen, Els
- Emadali, Anouk
- Schweifer, Norbert
- Gianni, Davide
- Gut, Marta
- Guardiola, Philippe
- Rousseaux, Sophie
- Gérard, Matthieu
- Knapp, Stefan
- Zhao, Yingming
- Khochbin, Saadi
- Others:
- Institut d'oncologie/développement Albert Bonniot de Grenoble (INSERM U823) ; Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-CHU Grenoble-EFS-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)
- The Chemical Proteomics Center and State Key Laboratory of Drug Research ; Shanghai Institute of Materia Medica
- Structural Genomics Consortium ; University of Oxford
- Nuffield Department of Clinical Medicine [Oxford] ; University of Oxford
- Ben May Department of Cancer Research ; The University of Chicago Medicine
- Institut de biologie structurale (IBS - UMR 5075 ) ; Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019])-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG) ; Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)) ; Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)) ; Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)
- Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC) ; Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Paris-Saclay-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
- Virus enveloppés, vecteurs et immunothérapie – Enveloped viruses, Vectors and Immuno-therapy (EVIR) ; Centre International de Recherche en Infectiologie - UMR (CIRI) ; École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL) ; Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL) ; Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
- Equipe "Contrôle Métabolique des Morts Cellulaires" (INSERM U1065 - C3M) ; Centre méditerranéen de médecine moléculaire (C3M) ; Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS) ; COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Côte d'Azur (UCA)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS) ; COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Côte d'Azur (UCA)
- Boehringer Ingelheim RCV
- Centre for Genomic Regulation [Barcelona] (CRG) ; Universitat Pompeu Fabra [Barcelona] (UPF)-Centro Nacional de Analisis Genomico [Barcelona] (CNAG)
- Centre de Recherche en Cancérologie Nantes-Angers (CRCNA) ; Centre Hospitalier Universitaire d'Angers (CHU Angers) ; PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM)-PRES Université Nantes Angers Le Mans (UNAM)-Hôtel-Dieu de Nantes-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Hôpital Laennec-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Faculté de Médecine d'Angers-Centre hospitalier universitaire de Nantes (CHU Nantes)
Citation
Description
Although the conserved AAA ATPase and bromodomain factor, ATAD2, has been described as a transcriptional co-activator upregulated in many cancers, its function remains poorly understood. Here, using a combination of ChIP-seq, ChIP-proteomics, and RNA-seq experiments in embryonic stem cells where Atad2 is normally highly expressed, we found that Atad2 is an abundant nucleosome-bound protein present on active genes, associated with chromatin remodelling, DNA replication, and DNA repair factors. A structural analysis of its bromodomain and subsequent investigations demonstrate that histone acetylation guides ATAD2 to chromatin, resulting in an overall increase of chromatin accessibility and histone dynamics, which is required for the proper activity of the highly expressed gene fraction of the genome. While in exponentially growing cells Atad2 appears dispensable for cell growth, in differentiating ES cells Atad2 becomes critical in sustaining specific gene expression programmes, controlling proliferation and differentiation. Altogether, this work defines Atad2 as a facilitator of general chromatin-templated activities such as transcription.
Abstract
International audience
Additional details
- URL
- https://hal.science/hal-01415782
- URN
- urn:oai:HAL:hal-01415782v1
- Origin repository
- UNICA