Exploration of Deinococcus-Thermus molecular diversity by novel group-specific PCR primers
- Others:
- Biologie végétale et microbiologie environnementale - UMR7265 (BVME) ; Institut de Biosciences et Biotechnologies d'Aix-Marseille (ex-IBEB) (BIAM) ; Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)) ; Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)) ; Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)
- Interactions Protéine Métal (IPM) ; Institut de Biosciences et Biotechnologies d'Aix-Marseille (ex-IBEB) (BIAM) ; Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)) ; Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)) ; Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)
- Laboratoire de Biogéochimie, Biodisponibilité et Transfert des Radionucléides (IRSN/PRP-ENV/SERIS/L2BT) ; Service de Recherche et d'Expertise sur les Risques environnementaux (IRSN/PRP-ENV/SERIS) ; Institut de Radioprotection et de Sûreté Nucléaire (IRSN)-Institut de Radioprotection et de Sûreté Nucléaire (IRSN)
- Symbiose Marine (SM) ; Evolution Paris Seine ; Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS) ; COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université des Antilles et de la Guyane (UAG)-Université Pierre et Marie Curie - Paris 6 (UPMC)-Université Nice Sophia Antipolis (1965 - 2019) (UNS) ; COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-COMUE Université Côte d'Azur (2015-2019) (COMUE UCA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
- Laboratoire de microbiologie des environnements extrêmophiles (LM2E) ; Institut Français de Recherche pour l'Exploitation de la Mer (IFREMER)-Université de Brest (UBO)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
- CEA - Toxicology programme
Description
The deeply branching Deinococcus-Thermus lineage is recognized as one of the most extremophilic phylum of bacteria. In previous studies, the presence of Deinococcus-related bacteria in the hot arid Tunisian desert of Tataouine was demonstrated through combined molecular and culture-based approaches. Similarly , Thermus-related bacteria have been detected in Tunisian geothermal springs. The present work was conducted to explore the molecular diversity within the Deinococcus-Thermus phylum in these extreme environments. A set of specific primers was designed in silico on the basis of 16S rRNA gene sequences, validated for the specific detection of reference strains, and used for the polymerase chain reaction (PCR) amplification of metagenomic DNA retrieved from the Tataouine desert sand and Tunisian hot spring water samples. These analyses have revealed the presence of previously undescribed Deino-coccus-Thermus bacterial sequences within these extreme environments. The primers designed in this study thus represent a powerful tool for the rapid detection of Deinococcus-Thermus in environmental samples and could also be applicable to clarify the biogeography of the Deinococcus-Thermus phylum.
Abstract
International audience
Additional details
- URL
- https://hal-amu.archives-ouvertes.fr/hal-01560945
- URN
- urn:oai:HAL:hal-01560945v1
- Origin repository
- UNICA